Dvounádržový systém představuje propracovanější variantu vhodnou do modernějších motorů. Systém je vybaven 2 nádržemi, v jedné (hlavní) je rostlinný olej, ve druhé (záložní) je nafta. Cyklus přepínání lze rozdělit do následujících fází:
- Když je motor studený, tj. po nastartování, běží motor na naftu.
- V okamžiku, kdy dosáhne teplota chladící kapaliny 75 st. Celsia, systém automaticky přepne na rostlinný olej.
- V případě, že by v průběhu jízdy došlo k poklesu teploty pod 75 st. Celsia (dlouhá jízda v zimě s kopce bez motoru), dojde k opětovnému přepnutí na naftu.
- Pár minut před plánovaným koncem cesty dojde k manuálnímu přepnutí zpět na naftu. Motor je tedy pro příští startování připraven v naftě. Pokud by obsluha vozu zapomněla zpět na naftu přepnout, dojde k automatickému přepnutí ihned po opětovném nastartování vozu (pokud je potřeba = pokud je motor studený).
Dvounádržový systém zaručuje svojí konstrukcí vždy ideální podmínky pro spalování rostlinného oleje, který má při teplotách nad 75 st. Celsia velmi podobné vlastnosti, jako nafta.
U nejmodernějších motorů, jako je obzvláště Common Rail, je používání rostlinného oleje poměrně riskantní. (Je obecně známo, že tyto technologie jsou velmi citlivé i na kvalitu nafty, natož rostlinného oleje).
V současné době už máme k dispozici řídící jednotku, která umožňuje používání rostlinného oleje i v motorech Common Rail. Náklady na přestavbu jsou v tomto případě výrazně vyšší, než u jiných motorů – pohybují se od 2 tisíc € nahoru. Ekonomicky se tedy vyplatí asi jen u nákladních vozů nebo větších zemědělských strojů.
Riziko poškození motoru se dá výrazně snížit ředěním rostlinného oleje naftou či bionaftou. U použití se systémy common rail doporučujeme přimíchávat 40 % i více (pokud nejsou vybaveny naší poslední řídící jednotkou, ale jen běžnou 2N sadou).